1949年12月，滇南人民行政公署在建水县成立，1950年2月，改称蒙自区行政督察专员公署，并于3月将专员公署驻地由建水迁往蒙自，12月，蒙自区行政督察专员公署改称云南省人民政府蒙自区专员公署（简称蒙自专署）。

    1953年5月1日红河哈尼族自治区在元阳新街成立。经国务院全体会议第五十七次会议正式批准后，1957年11月，蒙自专区和红河哈尼族自治区合并建立红河哈尼族彝族自治州，五万多各族群众在蒙自举行盛大的庆祝活动。

    自治州成立的第二年，经上级人民政府批准，将省辖的个旧市划归自治州领导。自治州州府由蒙自迁移个旧。2003年1月29日国务院批复，同意红河州人民政府驻地由个旧迁移蒙自。

    2003年11月18日，红河哈尼族彝族自治州州级行政机关从个旧迁移蒙自的庆典大会在蒙自隆重举行，标志着蒙自正式成为红河哈尼族彝族自治州的新州府。